Imajući u vidu poslanje Katoličke Crkve, a time i njezinih sveučilišta, koje proizlazi iz Apostolske konstitucije o katoličkim sveučilištima Ex corde Ecclesiae, kontinuirana potraga za istinom temeljena na istraživanjima te očuvanju i prenošenju znanja za dobrobit društva logičan je slijed. Pri tomu osobita se pozornost posvećuje odgoju cjelovite osobe, obrazovanju liječnika kao osobe koja teži istini radi brige o najranjivijem članu društva – bolesnomu čovjeku.

Sveučilišni integrirani preddiplomski i diplomski studij medicine Medicinskog fakulteta HKS- bit će koncipiran na izobrazbi vrhunskog liječnika na principima i dostignućima suvremene biomedicinske znanosti kao i načelima kršćanske antropologije koja se brine o čovjeku i životu, bolesnome i ugroženome.

Kod budućih liječnika, studiranjem na Medicinskom fakultetu HKS-a, razvijat će se osjećaj duboke društvene odgovornosti i svijest o potrebi djelovanja u zajednici uz vrhunsku znanstveno-istraživačku izobrazbu te spremnost za cjeloživotno i specijalističko usavršavanje, uključivši i poslijediplomsku izobrazbu i znanstveni rad. Te značajke proistječu iz definiranih kompetencija koje studenti razvijaju u nastavnom procesu. Nastava je pomno definirana i usmjerena obrazovanju liječnika sa svim temeljnim kompetencijama struke, što se postiže praktičnim radom s bolesnicima i znanstveno-istraživačkim radom temeljenim na proučavanju i promicanju odnosa bolesnika i zdravstvenoga sustava, primjenom i razvijanjem medicine zasnovane na dokazima. Studij medicine odvija se u sjedištu Sveučilišta, ali i u brojnim znanstvenim ili zdravstvenim ustanovama u Zagrebu i izvan njega, u manjim sredinama, i to na temelju potpisanih sporazuma o suradnji. Njegujući načela kršćanske brige za čovjeka, studij medicine na HKS-u otvoren je za sve ljude i svjetonazore. Kod budućih liječnika razvija spremnost za istraživanje i promicanje načela interesa za bolesna čovjeka.

Vizija Medicinskog fakulteta HKS-a služenje je zajednici i društvu u duhu kršćanske etike te osiguravanje poštivanja intelektualne i druge slobode, uvažavajući potrebe i dostojanstvo svakog pojedinca.